有機肥生產過程中，因為原料來自于養殖業、農產品及食品加工殘渣、工業糟渣等，這些原料在儲存以及發酵過程中不可避免地會發生污水/滲濾液、臭氣等，設備機械的工作發生噪音、有機肥的烘干粉碎等深加工易發生粉塵和異味氣體等。 
　　下面介紹幾種有機肥臭氣處理的辦法： 
　　有機肥生產過程中的臭氣來源：有機肥生產中的臭氣來自原料腐爛變質、有機肥發酵和有機肥烘干等。有機肥生產中的惡臭物質種類多，來源廣泛，一般有氨味、硫化氫味等等，對動物呼吸、消化、心血管、內分泌及神經系統都會形成不同程度的毒害，某些臭氣即便無健康上的危害，也存在對人精力或心情上的刺激與影響。 
　　堆肥過程中臭氣發生階段：發生于發酵的最初階段，因為易分化有機物質的降解消耗很多氧氣，然后形成部分缺氧而發生小分子有機物質和硫化氫等。此時，因為pH較低不易發生氨蒸發，大約1-2周后，隨著堆肥pH值升高而呈現很多氨蒸發。此時，堆肥已逐步完結堆肥一次發酵。 
　　堆肥過程中臭氣抑制與消除：通過調節資料的通氣性、增加通風量和增加吸附資料等均可在程度上抑制臭氣的發生。但是，因為發酵資料數量大、臭氣發生集中和場所相對關閉等原因，致使發酵場所內臭氣濃度極高，有時場所內氨濃度高達mg/L以上。這也形成了很多營養的丟失。需要采納辦法收集和處理。 
　　建廠時，配套建設除臭設備或采納除臭辦法：近年來，隨著環境污染治理逐步完善，臭氣污染投訴越來越多。對蒸發性有機物的污染問題越來越關注，在工廠設施建設時，一起樹立恰當規模的除臭設備是避免空氣污染和減少與周邊居民發生膠葛的。如果無視除臭對策，等與周邊居民發生了膠葛或被環境部分批判后再進行建設，那時所花的費用將更多。 
　　目前，消除臭氣的辦法有很，如水洗法、化處理法、燃燒法、吸附法、空氣稀釋法、掩蔽法、臭氧氧化法、等離子體以及生物除臭法等。 
　　生產上用的較廣泛的一種就是生物除臭法，此種辦法則是在生物的效果下，通過生物化學反應來分化、轉化臭氣成分以到達除臭意圖。目前，應用最多的是使用微生物來處理臭氣。因而，也叫微生物除臭法。這種辦法的長處是工作成本低、節省能源與資源和易于保護等。